Pondok Pesantren Krapyak Yayasan Ali Maksum Yogyakarta merupakan lembaga pendidikan dan sosial keagamaan yang berlokasi di Krapyak, Panggungharjo, Sewon, Bantul, Daerah Istimewa Yogyakarta. Pesantren ini mengemban misi pendidikan, dakwah, dan pengabdian kepada masyarakat dengan menempatkan penguasaan ilmu agama serta pembentukan kepribadian sebagai landasan pendidikannya. Orientasi tersebut diarahkan untuk melahirkan generasi yang mendalam pemahaman agamanya, luas wawasannya, dan mampu memberikan manfaat bagi lingkungan. Pendidikan pesantren sekaligus menjadi bekal bagi santri untuk menjalankan tanggung jawab dalam kehidupan beragama, bermasyarakat, berbangsa, dan bernegara.
Sejarah pesantren ini berakar pada tradisi keilmuan Pesantren Krapyak yang dirintis oleh KH. Muhammad Munawwir pada 15 November 1911. Pada masa awal, Krapyak dikenal sebagai pusat pembelajaran Al-Qur’an, terutama dalam bidang pembacaan dan hafalan Al-Qur’an. Tradisi tersebut menjadi fondasi penting bagi perkembangan pendidikan pesantren pada masa berikutnya. Dengan demikian, sejarah Pondok Pesantren Krapyak Yayasan Ali Maksum merupakan bagian dari kesinambungan perjuangan pendidikan keluarga besar Pesantren Krapyak yang telah berlangsung sejak awal abad kedua puluh, Pondok Pesantren Almunawwir
Dalam perjalanan tersebut, KH. Ali Maksum memiliki peran besar dalam memperluas cakupan pendidikan pesantren. Ulama asal Lasem yang merupakan menantu KH. Muhammad Munawwir ini melanjutkan pengabdian di Krapyak bersama KHR. Abdullah Affandi Munawwir dan KHR. Abdul Qadir Munawwir. Berbekal pengalaman belajar di pesantren dan di Makkah, beliau mengembangkan pengajaran ilmu-ilmu agama serta merintis pendidikan dengan sistem klasikal. Bersama Nyai Hj. Hasyimah Munawwir, beliau turut membina perkembangan berbagai lembaga pendidikan, termasuk madrasah diniyah, madrasah tsanawiyah, madrasah aliyah, pendidikan tahfiz Al-Qur’an, dan pendidikan bagi santri mahasiswa. Kehadiran madrasah memperluas kesempatan santri untuk memperoleh pendidikan yang terstruktur dengan tetap bertumpu pada tradisi keilmuan pesantren.
Setelah KH. Ali Maksum wafat pada 1989, kesinambungan amal usaha beliau memperoleh wadah kelembagaan melalui pendirian Yayasan Ali Maksum pada 1990. Yayasan ini dibentuk sebagai badan hukum yang meneruskan perjuangan beliau dalam pendidikan dan pelayanan sosial keagamaan. Tahun 1990 dengan demikian menandai pendirian yayasan, sedangkan akar sejarah dan kegiatan pendidikannya telah tumbuh jauh sebelumnya dalam lingkungan Pesantren Krapyak. Keberadaan yayasan menjadi sarana untuk merawat warisan keilmuan sekaligus mengembangkan penyelenggaraan pendidikan sesuai kebutuhan masyarakat.
Profil pendidikan Pondok Pesantren Krapyak Yayasan Ali Maksum tercermin dalam keberadaan pendidikan madrasah, pengajian kepesantrenan, tahfiz Al-Qur’an, pondok mahasiswa, dan Ma’had Aly. Keragaman jalur tersebut memperlihatkan perhatian pesantren terhadap kebutuhan belajar santri pada berbagai tahap pendidikan. Berpijak pada warisan para pendahulunya, pesantren ini terus mengarahkan pengembangan lembaga pada peningkatan mutu pendidikan, penguatan pengabdian, serta kerja sama dengan masyarakat. Semangat yang dijaga adalah tumbuhnya generasi santri yang berilmu, berakhlak, dan siap berkhidmah, sehingga budaya keislaman pesantren dapat hadir sebagai rahmat dalam kehidupan masyarakat yang lebih luas.