1. Balai Kesehatan Masyarakat (BKM)
Mulanya Balai Kesehatan Masyarakat merupakan pelayanan kesehatan untuk santri dan keluarga besar Pondok Pesantren Krapyak. Dalam perkembangannya BKM mendapatkan kepercayaan dari masyarakat sekitar sehingga juga dibuka untuk umum. Pelayanan kesehatan BKM meliputi kedokteran umum dan gigi berupa:
- pemeriksaan dan perawatan medis serta obat-obatan setiap hari (jam 18:00-20:00 pm)
- pendidikan kesehatan bagi santri.
Keberadaan BKM didukung oleh berbagai fasilitas, yaitu:
- Gedung BKM dengan lengkap dengan peralatan medis bagi kesehatan umum dan gigi.
- Tiga dokter umum dan gigi yang siap melayani pasien
- Obat standar yang diberikan kepada pasien.
2. Apotek
Apotek Pondok Pesantren Krapyak melayani kebutuhan santri maupun masyarakat sekitar. Apotek ini menyediakan obat-obat dengan resep ataupun obat bebas, generik ataupun bermerek. Selain sebagai penyedia obat-obatan, apoteker yang bertugas juga berfungsi untuk memberikan konsultasi kepada pasien.
Apoteker menyarankan pasien dan penyedia layanan kesehatan pada pemilihan, dosis,interaksi, dan efek samping obat, dan bertindak sebagai perantara belajar antara penulis resep (dokter) dan pasien.
3. Beasiswa
Pondok Pesantren Krapyak memberikan beasiswa untuk santri yang kurang mampu, santri yang berasal dari lingkungan sekitar pondok pesantren, anggota keluarga pemangku kepentingan pondok pesantren (guru, karyawan, pengurus yayasan). Beasiswa bisa berbentuk pengurangan biaya sekolah dan asrama sampai pembebasan segala biaya pendidikan.
Mengingat tingginya kebutuhan beasiswa, Pondok Pesantren Krapyak membuka diri terhadap pihak-pihak yang ingin berkontribusi dalam pemberian beasiswa. Beberapa lembaga dan perorangan di luar pondok pesantren telah tercatat menyalurkan beasiswa ke pondok pesantren Ali Maksum Krapyak.
4. Santunan
Pondok Pesantren Ali Maksum Krapyak memberikan santunan kepada perorangan maupun keluarga yang tergolong kurang mampu bahkan untuk memenuhi kebutuhannya sehari-hari. Bantuan rutin yang diberikan bisa berupa uang maupun bahan makanan (seperti beras). Santunan insidental bisa berupa bantuan untuk biaya pengobatan, melahirkan dan kematian.
5. Pengajian Jum’at Legi
Pengajian yang diselenggarakan setiap hari Jum’at legi ini mempunyai agenda simaan Al Qur’an, tahlilan dan pemberian taushiyah. Selain itu juga disediakan forum tanya jawab masalah keagamaan. Lebih dari 500 ibu-ibu dari daerah Bantul dan sekitarnya menjadi jamaah pengajian ini.