Pengurus

Pondok Pesantren Krapyak secara formal dikelola oleh Yayasan Ali Maksum. Adapun susunan kepengurusan yayasan tersebut adalah sebagai berikut:

Dewan Pembina/Pengasuh

KH Jirjis Ali

Ny. Hj. Dra. Ida Rufaida Ali

Ny. Hj. Luthfiyah Baidlowi

Ny. Hj. Hanifah Ali

Ny. Hj. Durroh Nafisah Ali

KH. Prof. Dr. Hamam Hadi

KH. Drs. Atabik Ali

Pengurus Yayasan

Ketua: H. M. Afif Hasbullah, M.A

Wakil Ketua I: H. M. Hilmy Hasbullah, MA, Ph.D

Wakil Ketua II: H. Widyawan, M.Sc, Ph.D

Sekretaris: Hj. Maya Fitria, S.Psi, Psi

Bendahara: Hj. Diana Jirjis,S.T., M.Sc.

Kabid Akademik: H. Abdul Ghofur Lc., PhD

Kabid Sarana: H. Nilzam Yahya, M.Ag

Kabid Kesantrian: H. Zaky Muhammad, Lc.

Kabid P2M: Hj. Fatma Zuhratunnisa, STP, MP